猪场消毒的重点在与外界接触的环节上，如进出的人员、车辆以及大门口等。靠消毒药来控制病原体在一个圈舍内的传播几乎是徒劳的。
在周围有疫情威胁时应加强消毒，但在没有疫情威胁的绝大部分时间里没有必要频繁消毒。
发酵床圈舍到底能否消毒，一直是养殖户关心的问题。大家会自然地认为，消毒会杀灭发酵功能菌，所以发酵床圈舍不能消毒。在大部分发酵床技术资料中也都提到甚至强调发酵床垫料上不能消毒。但是，根据北京永久佳业科技有限公司的康信干撒式发酵床养猪养鸡技术应用几年的实践结果来看，这种想法不符合实际情况。也就是说，在发酵床上，特别是在康信干撒式发酵床上，消毒完全可以做，不会影响发酵床的发酵功能。
